通常清理的方法分为物理清洗和化学清洗两种。
物理清洗通常是采用机械力把炉管内的碳渣击碎，再利用高速气流将碳渣吹出，使炉管管道畅通。不过物理清洗，一次清洗的距离是有限的，而且清理时间会比较长，比较不方便。
而化学清理是通过化学反应破坏碳渣的结构或者与碳渣发生反应，达到清渣的目的。采用的是加气气化燃烧的方法来清理管式炉炉管，相对物理清洗来说，所用时间比较短，而且可以一次性清理完毕。比较方便。
由于管式炉已经被众多实验室所用，所以建议平时在每次使用后都尽量的对炉膛、炉管进行清理，以免影响下次的使用。另外，用压缩空气喷嘴从管式实验炉进料端吹入时，阀门不可开得太大，并且要前后左右移动，避免部分过热。
